Les lichens se développent sur de nombreux substrats : terre, sable, matières organiques, roche, écorce, bois, métal, verre, etc. Ils occupent les principaux types d'écosystèmes continentaux émergés et quelques milieux immergés temporairement ou en permanance (lorsque la lame d'eau est très fine, incluant la zone de balancement des marées).