Base de connaissance

Adossée au référentiel taxonomique, la Base de connaissance (BDC) sur les espèces permet d'adjoindre des informations sur les taxons. Elle est subdivisée en quatre principaux axes de connaissance.

BDC Distribution

Les informations sur la distribution des espèces sont actuellement gérées à deux niveaux différents :

1. statuts biogéographiques dans les territoires : les statuts biogéographiques des espèces dans chaque territoire sont ceux disponibles dans la dernière version du référentiel taxonomique national TAXREF (voir la méthodologie générale p. 18) ;
2. Atlas de la Biodiversité Départemental et des Secteurs Marins (ABDSM).

Il s'agit d'une connaissance de référence dont chaque donnée est justifiée par des références bibliographiques ou sur la base de données d'occurrence choisies. Ces informations sont notamment utilisées dans le cadre de la procédure de validation scientifique des données du SINP [1].

BDC Statuts

La base de connaissance « Statuts » a été mise en place afin de centraliser et d'harmoniser les informations relatives à la caractérisation des espèces selon leurs statuts dans les différents programmes «Espèces» portés par PatriNat [2] :

• Liste rouge mondiale : une extraction de la Liste rouge mondiale est réalisée une fois par an et mise en correspondance avec TAXREF pour les espèces évaluées dans la Liste rouge mondiale qui sont présentes dans les territoires français.
• Liste rouge européenne : le processus est le même que pour la liste rouge mondiale. L'extraction est réalisée à partir du site de l'initiative Liste rouge européenne
• Listes rouges nationales : L'élaboration de la Liste rouge des espèces menacées en France est mise en œuvre par le Comité français de l'UICN et le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN, PatriNat) pour la partie données. Les statuts Liste rouge nationale sont récupérés via les tables du programme dédié du système d'information de l'INPN.
• Listes rouges régionales : les statuts sont récupérés via les documents source publiés par les partenaires régionaux (DREAL, CBN, associations naturalistes). Seules les listes rouges labellisées par le comité français de l'UICN sont intégrées.
• Listes d'espèces déterminantes ZNIEFF : les listes sont récupérées auprès des DREAL et DEAL de chaque région après validation des listes par les CSRPN (Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel). Les avis de CSRPN sont stockés (mais non diffusés) dans la base documentaire DOCS-Web.
• Listes d'espèces SCAP : les listes d'espèces SCAP (nationales et régionales) sont élaborées, en concertation avec les partenaires régionaux (après validation des listes par les CSRPN), par PatriNat. Les statuts SCAP sont récupérés via les tables du programme dédié du système d'information de l'INPN.
• Plans Nationaux d'Action : les listes d'espèces PNA sont récupérées via les documents source publiés par le ministère en charge de l'écologie. Les statuts PNA sont ensuite récupérés via les tables du programme dédié du système d'information de l'INPN.
• Protections, Réglementations, Directives européennes, Conventions internationales : les listes d'espèce réglementées sont élaborées par PatriNat à partir des textes réglementaires, disponibles sur Légifrance pour le droit français, des codes de l'environnement des différentes collectivités d'outre-mer, EUR-Lex pour les directives européennes, et sur les sites des conventions internationales. Pour comprendre la méthodologie d'élaboration et d'intégration de ces listes dans le système d'information INPN, voir [3].
• Listes d'espèces prioritaires pour l'action publique nationale : cette liste est élaborée par PatriNat. Les statuts sont récupérés via les tables du programme dédié du système d'information de l'INPN.
• Listes d'espèces sensibles pour la diffusion des données dans le cadre du SINP : la liste nationale (élaborée par PatriNat) et les listes régionales (élaborées et transmises par le pilote de la plateforme SINP régionale après avis du CSRPN) sont récupérées via les tables du programme dédié du système d'information de l'INPN. Pour plus de précisions sur la méthodologie d'élaboration de ces listes, voir [4].

La BDC Statuts est téléchargeable sur le site de l'INPN en format tableur csv (ici). Elle est également consultable au niveau de l'API et du Formulaire Statuts.

La liste des statuts disponibles est consultable ici.

BDC Traits

Actuellement en développement, la Base de connaissance Traits permet de renseigner les traits de vie transversaux aux espèces de TAXREF, tels que les catégories trophiques, les types de reproduction, les environnements de vie, mais aussi des formes biologiques (lichen, arbre, limace, etc.) ou des types de mobilité.

La base de Traits gère également les liens entre les espèces et leurs habitats, tels que définis dans le référentiel Habitats HABREF (regroupant 34 typologies dont EUNIS et CORINE Biotope par exemple).

La liste des traits disponibles est consultable ici.

BDC Interactions

Le référentiel TAXREF recense toutes les espèces vivantes habitant au même endroit, en l'occurrence sur le territoire national. Un tel référentiel est donc idéal pour documenter les interactions qui existent entre toutes ces espèces de bactéries, champignons, plantes ou animaux : prédation, parasitisme, symbiose, dispersion etc.

La liste des interactions inter-spécifiques disponibles est consultable ici.

Références

[1] Robert S., Dupont P., de Mazières J., Poncet L., Touroult J., 2017. Procédure nationale de validation scientifique des données élémentaires d'échange du SINP pour les occurrences de taxons. Version 1. Service du patrimoine naturel, Muséum national d'histoire naturelle, Paris. Rapport SPN 2017 - 2. 16 p.
[2] Régnier, C. & Gargominy, O. 2018. Diffusion des statuts des espèces : principes et objectifs. UMS 2006 Patrimoine Naturel (AFB / CNRS / MNHN), Paris. Rapport Patrinat 2018-109. 8 pp.
[3] Gargominy, O. & Demonet, S. 2013. La protection juridique des espèces biologiques : gestion de l'information, diffusion sur l'INPN. Rapport SPN 2013 – 8. 26 pp.
[4] Touroult, J., Birard, J., Bouix, T., Chataigner, J., De Wever, P., Gourvil, J., Landry, P., Olivereau, F., Pichard, O., Poncet, L., Touze, A., Lebeau, Y., 2014. Définition et gestion des données sensibles sur la nature dans le cadre du SINP. Guide technique. Service du patrimoine naturel, Muséum national d'histoire naturelle, Paris. Rapport SPN 2014 - 27. 26 pp.