Les bilans suivants représentent une estimation de la biodiversité décrite par territoires. Ils peuvent être consultés pour chacune des versions de TAXREF depuis la v3 afin d'en pouvoir suivre l’évolution.
Les statuts biogéographiques considérés pour la présence sur un territoire sont : P, E, S, B, C, I, J, W, X, Z.
Le milieu marin correspond aux valeurs suivantes du champ « Habitat » de TAXREF :
1 : Marin
4 : Marin et eau douce
5 : Marin et terrestre
6 : Eau saumâtre
Le milieu continental correspond aux valeurs suivantes du champ « Habitat » de TAXREF :
2 : Eau douce
3 : Terrestre
4 : Marin et eau douce
5 : Marin et terrestre
7 : Continental (terrestre et/ou eau douce)
8 : Continental (terrestre et eau douce)
Les taxons dont le code « habitat » est 4 ou 5 sont donc comptabilisés dans chacun des deux tableaux continental et marin.
Le découpage des groupes est un assemblage pratique, principalement systématique mais aussi fonctionnel (tous les poissons sont regroupés), avec des niveaux de détails peu homogènes. Afin de minimiser ces disparités, un tableau est présenté spécifiquement pour les insectes en suivant les ordres. Certains groupes peu diversifiés ne sont pas représentés.
Rq : dans la version 7.0, les algues vertes étaient restreintes aux seuls Chlorophyceae ; elles sont étendues aux Chlorophyta et aux Charophyta depuis la version 8.0.