Statistiques par classification supérieure
Matériel & Méthode
Des statistiques sont calculées au niveau de la classification supérieure de TAXREF, et déclinées par territoire ou environnement (marin / continental). Ces chiffres sont également comparés aux chiffres fournis par les données GBIF (="Monde"), avec le calcul de différents ratios.
Les champs REGNE, PHYLUM, CLASSE, ORDRE, FAMILLE, FRANCE, FR, OM, MARINE, CONTINENTAL, CD_NOM, RANG, GBIF_KEY sont calculés à partir de taxref pour le niveau Espèce uniquement : RANG = ''ES'' AND CD_NOM = CD_REF AND INPN = ''true'' AND ISNATIONAL(CD_NOM) = ''true'' (= où au moins un territoire n'est pas ('A', 'Q', 'D'))
avec les spécificications suivantes :
- FRANCE : au moins un territoire n'est pas ('A', 'Q', 'D') (fonction ISNATIONAL(CD_NOM))
- FR : (fonction ISPRESENT(FR) = present_sl from taxref.taxref_statuts I, J, N, P, S, B, X, E, Z, C, W cad Introduit, Introduit envahissant, Natif, Présent, Subendémique, Occasionnel, Eteint, Endémique, Endémique éteint, Cryptogène, Disparu)
- OM : (fonction ISOUTREMER(CD_NOM) = ISPRESENT(territoire) dans au moins un territoire = present_sl from taxref.taxref_statuts I, J, N, P, S, B, X, E, Z, C, W cad Introduit, Introduit envahissant, Natif, Présent, Subendémique, Occasionnel, Eteint, Endémique, Endémique éteint, Cryptogène, Disparu)
- MARINE : (fonction ISMARINE(HABITAT) = marin from taxref.taxref_habitats 1, 4, 5, 6 cad Marin, Marin et eau douce, Marin et terrestre, Eau saumâtre)
- CONTINENTAL : (fonction ISCONTINENTAL(HABITAT) = continental from taxref.taxref_habitats 2, 3, 4, 5, 7, 8 cad Eau douce, Terrestre, Marin et eau douce, Marin et terrestre, Continental (terrestre et/ou eau douce) , Continental (terrestre et eau douce))
Les champs WORLD_FROM_GBIF, DATA_FROM_GBIF, DATA_PATRINAT_FROM_GBIF sont fournis par l'api du gbif à partir de la liaison des noms GBIF à ceux de TAXREF, avec les spécifications suivantes (le champ 'count' est pris dans la réponse) :
- WORLD_FROM_GBIF : champ "count" de "http://api.gbif.org/v1/species/search?rank=SPECIES&status=ACCEPTED&limit=1&highertaxon_key=" + gbifKey (par exemple)
- DATA_FROM_GBIF : champ "count" de "http://api.gbif.org/v1/occurrence/search?limit=1&taxon_key=" + gbifKey (par exemple)
- DATA_PATRINAT_FROM_GBIF : champ "count" de "http://api.gbif.org/v1/occurrence/search?limit=1&publishing_org=1928bdf0-f5d2-11dc-8c12-b8a03c50a862&taxon_key=" + gbifKey (par exemple)