Instructions aux éditeurs

[dernière modification le 3 avr. 2024 ]

La méthodologie générale de TAXREF peut être consultée : Gargominy, O., Tercerie, S., Régnier, C., Ramage, T., Dupont, P., Daszkiewicz, P. & Poncet, L. 2022. TAXREF, référentiel taxonomique pour la France : méthodologie, mise en œuvre et diffusion. Rapport PatriNat (OFB-CNRS-MNHN), Muséum national d’Histoire naturelle, Paris. 47 pp.

Vous avez le droit de modifier toutes les informations du système uniquement dans le groupe taxonomique qui vous est affecté en tant qu'éditeur associé. Avant de modifier les informations existantes, il est important de ne pas «écraser» des informations précieuses. Par exemple, une faute d'orthographe courante d'un nom peut vouloir être conservée dans la base de données. Dans ce cas, il est préférable de créer une nouvelle entrée et de lier la faute d'orthographe au nom correct. Vous trouverez ci-dessous une liste et une brève explication de ce qui est possible dans ce système. Si vous avez des questions, n'hésitez pas à demander à l'équipe TAXREF en cliquant ici

A quelles informations accorder la priorité ?

Minimale : Classification, nom de l'espèce, autorité et année de publication, environnement, rang, diffusion INPN, statut dans un territoire concerné, références bibliographiques pour les statuts renseignés.

Recommandée : Nom original, référence de publication originale, localité-type lorsque celle-ci se situe en France.

Optionnelle : synonymes supplémentaires, références, images, traits, interactions biologiques, carte ABDSM, habitats .

[dernière modification le 7 déc. 2022 ]

Comment s'identifier ?

Les droits d'accès sont liés à un taxon supérieur dans l'arbre de la classification. En d'autres termes, vous ne pourrez modifier les informations que pour les taxons de votre groupe d'expertise. Vous pouvez vous connecter à tout moment en cliquant sur "Connexion" dans le menu principal, dans le coin supérieur droit. Vous serez redirigés vers la page en cours en mode édition si vos droits le permettent.

Une fois connecté, votre login apparait en place du menu "Connexion" précédent et vous avez accès aux paramètres de votre compte, notamment vos statistiques de saisies et modifications dans TAXREF-web.

[dernière modification le 7 déc. 2022 ]

Modifier les détails du taxon

Lorsque vous êtes en mode édition sur un taxon (un nom), vous pouvez modifier toutes les informations sauf le CD_NOM (l'identifiant unique).

[dernière modification le 3 avr. 2024 ]

Codes de nomenclature

L'écriture des noms de référence doit suivre strictement les règles de nomenclature énoncées dans les Codes de leur règne respectif :

le Code international de nomenclature zoologique (ICZN),
le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (IAPT),
le Code international de nomenclature des procaryotes (ICSP).

Equivalence des termes :

Zoologie	Botanique	TAXREF
Nom disponible	Nom valide
Nom valide	Nom accepté	Nom de référence [CD_REF = CD_NOM]

[dernière modification le 3 avr. 2024 ]

Format des noms scientifiques

Pour les noms d'espèces, en sus des règles énoncées par les Codes, TAXREF recommande que le nom de référence s'écrive sans le sous-genre entre parenthèses, cette écriture pouvant être rajoutée dans les chrésonymes en tant que Variante orthographique.

Pour les rangs infra-spécifiques, la nomenclature trinominale est adoptée :

dans le cas des algues, champignons et plantes (IAPT) : avec indication systématique du rang (« subsp. » pour les sous-espèces, « var. » pour les variétés, « f. » pour les formes) entre l’épithète spécifique et le nom terminal (voir article 24.1), par exemple : Euphorbia flavicoma subsp. costeana.
dans le cas de la faune (ICZN) : sans aucun ajout pour les sous-espèces (ex : Acmaeodera bipunctata obenbergeriana); avec indication du rang dans les autres cas (Ascidia sydneiensis var. samea).

Pour les rangs supérieurs à l'espèce, le nom est un mononom qui se décline selon les terminaisons admises pour les rangs et les Codes concernés.

[dernière modification le 7 déc. 2022 ]

Format d'autorité

Le format d'autorité diffère selon le règne auquel appartient l'espèce, selon les règles et recommandations énoncées par les Codes.

Dans TAXREF, le format suivant est utilisé :

Pour les noms originaux :

nom de l'auteur, ou noms des auteurs séparés par une virgule et un espace avec une esperluette "&" entre l'avant-dernier et le dernier auteur
suivi d'une virgule, d'un espace et de l'année de la publication.
Exemple: Linnaeus, 1758
Exemple: Dózsa-Farkas, Felföldi, Nagy & Hong, 2018

Pour les nouvelles combinaisons :

pour les animaux, l'autorité du nom d'origine doit être placée entre parenthèses
Exemple: (Lacepède, 1802)

pour les algues, champignons et plantes, le ou les auteurs du nom d'origine doivent être placés entre parenthèses, suivi du nom du ou des auteurs de la recombinaison, suivi d'une virgule, d'un espace et de l'année de la publication de la nouvelle combinaison
Exemple: (Lehm.) M.Serrano, R.Carbajal & S.Ortiz, 2016

Il est donc recommandé de toujours inclure l'année de publication du nom.

L'utilisation correcte des parenthèses est extrêmement importante puisqu'elle indique si le nom est un nom original ou non.
Par exemple, Lynx lynx (Linnaeus, 1758) est une nouvelle combinaison, ce qui est indiqué par les parenthèses autour de l'autorité du nom d'origine qui est Felis lynx Linnaeus, 1758. Si historiquement Felis lynx est le premier nom publié pour le Lynx boréal, décrit et publié par Linnaeus en 1758, cette espèce a été transférée vers le genre Lynx, ce qui résulte en une nouvelle combinaison et l'autorité d'origine est mise entre parenthèses.

Pour les algues, champignons et plantes, TAXREF adopte la recommandation 46A du Code qui préconise l’utilisation des abréviations non-ambigües standardisées de Brummitt & Powell (1992) pour les noms d’auteurs. TAXREF suit rigoureusement l’IPNI et ne met aucun espace dans les abréviations d’auteur, que ce soit entre l’initiale(s) et le nom ou dans l’abréviation du nom, par exemple : « W.D.J.Koch » et non « W. D. J. Koch » ; « Balf.f. » et non « Balf. f. ».

Pour les animaux, s’il existe plusieurs auteurs portant le même nom, le plus ancien s’écrit sans initiale(s) et les suivants s’écrivent avec les initiales afin d’éviter toute homonymie d’auteur. Dans ce cas, il faut mettre un espace uniquement entre la dernière initiale et le nom (pas d’espace entre les initiales, par exemple "O.F. Muller" et non pas "O. F. Muller"). De nombreux cas sont encore à traiter dans TAXREF. Si les auteurs homonymes sont de la même période, il convient d'ajouter l'initiale du prénom avant chaque nom, par exemple « C. Monniot & F. Monniot » ; « H. Adams & A. Adams ». Par ailleurs, « Linnaeus » est utilisé pour Linné, « Fuessly » préférentiellement à « Fuesslin » et « Füssli », et « Motschulsky » préférentiellement à « Motschoulsky ». Les caractères diacritiques sont respectés au maximum (« Strøm » utilisé plutôt que « Ström »).

En conséquence, un même auteur peut apparaître sous deux orthographes différentes selon qu’il s’agit d’un nom de plante ou d’animal (cas de Carl Reinhold Sahlberg : « C.R. Sahlberg » en zoologie et « Sahlb. » en botanique).

Les autorités pour les synonymes d’usage sont notées sous la forme « auct. non » suivi de l’auteur du nom de référence (e.g. Crocodilurus lacertinus auct. non (Daudin, 1802) ou Alchemilla hybrida auct. non L. (recommandation 50D (IAPT)). « auct. » peut être remplacé par « sensu » suivi du nom de l’auteur employant le nom à tort.

[dernière modification le 8 déc. 2022 ]

Nom original

Ce champ (nommé CD_BA dans la base) renvoie vers le nom original (basionyme, protonyme, orthographe originale, etc.) du nom. Il a pour but de gérer la synonymie objective (homotypique) versus subjective (hétérotypique), notamment la synonymie vraie versus les recombinaisons.

Ce champ équivaut au CD_NOM lorsqu'il s'agit :

de l'orthographe originale (article 32 de l'ICZN, article 60 de l'IAPT), auquel cas la référence originale a été consultée et devrait être citée dans les notes ;
du binom original (combinaison originale genre / nom de rang spécifique) si l'orthographe originale n'est pas disponible ou n'a pas été vérifiée.

Un nom "auct." ou "sensu" doit avoir un CD_BA null.

Dans le cas d'un nom de remplacement, ce champ doit renvoyer vers le nom original remplacé.

Ce champ sert donc à regrouper tous les synonymes objectifs (homotypiques) à partir du premier nom original.

La rubrique "CHRESONYMIE" disponible au niveau du nom valide vous permet de gérer les attributions aux basionymes/protonymes en mode "drag-and-drop" (glisser-déplacer).

[dernière modification le 8 déc. 2022 ]

Références bibliographiques

En fonction du type d’ajouts ou de modifications effectués sur le référentiel, différentes ressources bibliographiques sont nécessaires pour TAXREF.

Pour ajout de noms scientifiques :

Pour les espèces nouvelles : publication originale respectant les codes de nomenclature.
Exemple : Roux, C., Boulanger, M. & Malle, N. 2009. Caloplaca itiana sp. nov., espèce nouvelle de lichen du littoral de la Manche (France). Bulletin de l'Association Française de Lichénologie, 34(1): 1-10.

Pour des changements de synonymie ou de classification : publication scientifique nécessaire.
Exemple : Ahrens, D. 2007. Taxonomic changes and an updated catalogue for the Palaearctic Sericini (Coleoptera : Scarabaeidae : Melolonthinae). Zootaxa, 1504: 1-51.

Pour ajout de noms vernaculaires :

Tout type de littérature peut être pris en compte, y compris les guides naturalistes ou les sites web spécialisés (ex : site DORIS sur la faune et de la flore subaquatiques de la Fédération française d'études et de sports sous-marins).

Pour occurrences nouvelles dans les territoires français :

Pour les statuts biogéographiques (indigénat, introduction, endémisme, invasion, etc.) : publication scientifique nécessaire.
Exemple : Dusoulier, F., Lupoli, R., Aberlenc, H. P. & Streito, J.-C. 2007. L'invasion orientale de Leptoglossus occidentalis en France: bilan de son extension biogéographique en 2007 (Hemiptera: Coreidae). L'Entomologiste, 63(6): 303–308.

Pour la présence / absence d’une espèce dans un territoire : tout type de littérature peut être pris en compte, y compris les nouvelles occurrences mentionnées sur des forums naturalistes, sous réserve que la détermination de l’espèce soit accompagnée d’une photo, de la date de détermination et du nom du déterminateur. Dans ce cas, une référence bibliographique est créée avec l’url et une copie de la page web sous forme de zip contenant la page html et les photos associées (« page web complète »).
Exemple : http://mersociety.wordpress.com/2012/11/07/extraordinarily-rare-whale-sighting-omuras-whale-balaenoptera-omurai/ référencé comme :
Krajewsky, H. 2012. Extraordinarily Rare Whale Sighting – Omura’s Whale (Balaenoptera omurai). Marine Education and Research Society Blog. Posted on November 7, 2012, downloaded on May 5, 2014. http://mersociety.wordpress.com/2012/11/07/extraordinarily-rare-whale-sighting-omuras-whale-balaenoptera-omurai/

[dernière modification le 8 déc. 2022 ]

Référentiels externes

Les référentiels externes sont des bases de données validées et officielles, utilisées pour alimenter TAXREF. Trois types de référentiels sont identifiés en fonction de leur portée géographique (figure ci-dessous) :

Les référentiels locaux (métropole et territoires d'outre-mer),
Les référentiels régionaux (Regional Species Database, RSD) (Europe, Océan Indien...),
Les référentiels mondiaux (Global Species Database, GSD).

Les référentiels mondiaux (GSD) sont des référentiels taxonomiques qui traitent d’un groupe taxonomique dans sa globalité, ce qui est l’objectif même de la taxonomie. Ce sont des sources de données a priori fiables, puisque ce sont les taxonomistes spécialistes du groupe eux-mêmes qui assurent la consolidation à l’échelle mondiale. En conséquence, TAXREF favorise l’utilisation de référentiels mondiaux (GSD) et participe à leur amélioration. Lorsqu’une GSD existe pour un groupe taxonomique donné et qu’elle est suffisamment à jour et avancée pour être reconnue par la communauté scientifique, TAXREF l’utilise prioritairement comme source (par exemple Algaebase, le World Register of Marine Species (WoRMS), ou Index Fungorum).

Néanmoins, les référentiels locaux évoluent généralement plus rapidement que les GSD. En conséquence, la méthodologie TAXREF vise à faire remonter les informations nouvelles du niveau local au niveau mondial.

TAXREF s'efforce de coller au plus près de ces référentiels. En cas de désaccord, un échange avec les éditeurs des bases s'engage afin de résoudre le conflit sur la base de publications scientifiques. En complément des publications, des notes nomenclaturales et/ou taxonomiques peuvent être rédigées et ajoutées dans TAXREF pour garder trace du problème et de sa résolution.

Quelque soit la portée géographique d'un référentiel externe identifié comme source pour TAXREF, une correspondance unique (lien 1-1) est établie entre les identifiants uniques d'un référentiel externe et les identifiants uniques de TAXREF (CD_NOM), ce qui assure une équivalence stricte entre les bases.

[dernière modification le 13 déc. 2022 ]

Contrôles

TAXREF-web opère plus de 200 contrôles pour vérifier l'intégrité et la cohérence des informations saisies. Ces contrôles portent notamment sur l'adéquation des noms aux codes de nomenclature (un nom d'espèce doit être un binom, une famille doit se terminer par -idae pour les animaux et -aceae pour les plantes, écriture correcte de l'autorité, etc.) ainsi que sur les statuts biogéographiques sur les territoires (espèce native sur un territoire mais sous-espèce introduite par exemple).

Ces contrôles sont déclenchés soit automatiquement (les contrôles relatifs à l'autorité sont déclenchés lors de la modification de l'autorité par exemple), soit sur demande (cliquez sur [Exécuter tous les contrôles] dans la Boite à outils disponible pour chaque taxon).

Les contrôles indiquent des problèmes qu'il convient de corriger de façon à ce que le contrôle disparaisse. Les contrôles apparaissant en rouge vif sont hautement prioritaires.

[dernière modification le 3 avr. 2024 ]