Qu'est-ce-que TAXREF ?

Présentation

TAXREF est le référentiel taxonomique national français dont le but est de fournir une liste complète de tous les organismes marins, terrestres et aquatiques présents en France métropolitaine et outre-mer, au travers des noms scientifiques associés à ces espèces. Faisant autorité, notamment au travers de l’article L411-1 A du code de l’environnement, il permet d’assurer l’interopérabilité des données sur les espèces produites dans le cadre des politiques publiques nationales en lien avec la biodiversité.

Le périmètre géographique du programme concerne l'ensemble des territoires nationaux : France métropolitaine, Guyane, Martinique, Guadeloupe, Saint-Martin, Saint-Barthélemy, Saint-Pierre-et-Miquelon, Mayotte, Îles Éparses, Réunion, Îles subantarctiques, Terre Adélie, Nouvelle-Calédonie, Wallis-et-Futuna, Polynésie française et Clipperton. La partie marine est délimitée par la zone économique exclusive au niveau de la colonne d’eau. La délimitation externe de la zone benthique est étendue aux extensions du plateau continental produites dans le cadre du projet Extraplac.

Le périmètre temporel s’étend du paléolithique à nos jours (correspondant environ au Pléistocène moyen, supérieur et Holocène). Cette période permet la gestion de données archéozoologiques et archéobotaniques et permet une vision diachronique de l'évolution de la biosphère sur le dernier million d'années.

Le périmètre taxonomique concerne l’ensemble du monde vivant, notamment la faune, la flore, la fonge, les algues, les protistes, les bactéries et les archées. TAXREF gère l’ensemble des noms scientifiques associés aux espèces ainsi que les taxons de la classification supérieure. La gestion des noms scientifiques est encadrée par trois codes internationaux de nomenclature concernant (1) la faune, (2) la flore, la fonge et les algues ainsi que (3) les procaryotes (bactéries). Par ailleurs, le programme gère les noms vernaculaires associés aux espèces lorsqu’ils existent.

L'exhaustivité est recherchée pour l'ensemble des espèces se reproduisant ou s'étant reproduit naturellement sur le territoire et pendant la période concernés. Les espèces domestiques et cultivées sont également traitées, sans que leur complétude ne soit une priorité.

De nombreux référentiels ou listes de référence existent déjà selon les groupes taxonomiques et les différents territoires métropolitains ou ultramarins. Plutôt que de juxtaposer des référentiels séparés, et pour s'assurer que la taxonomie utilisée dans ces différents projets est cohérente, TAXREF regroupe toutes ces informations dans une base de données unique, consolidée.

TAXREF contient des noms d'espèces valides, des synonymes et des noms vernaculaires, ainsi que des informations supplémentaires telles que la littérature et les données biogéographiques. Outre les noms d'espèces, TAXREF contient également la classification supérieure dans laquelle chaque nom scientifique est lié à son taxon parent. La classification utilisée est un compromis entre les systèmes établis et les changements récents. Son objectif est de faciliter la gestion des données plutôt que de suggérer une opinion taxonomique ou phylogénétique sur les relations entre les espèces, même si TAXREF essaye de suivre autant que possible les évolutions de la classification (passage aux classifications APG et PPG pour les plantes vasculaires par exemple).

La mise à jour de TAXREF est un processus continu. De nouvelles informations sont saisies quotidiennement par les éditeurs taxonomiques et par les membres de notre équipe. Souvent, les données proviennent également de contributions de grands ensembles de données, tels que des listes d'espèces mondiales ou régionales. Aucune base de données de cette taille n'est sans erreurs ni omissions. En cas de découverte d'erreur, un échange se met en place avec les éditeurs de ces référentiels afin d'assurer une correspondance la plus complète et à jour possible. Nous ne pouvons pas promettre de ne faire aucune erreur, mais nous nous engageons à assurer le suivi et à effectuer un retour sur tout signalement d'erreurs. Vos commentaires sont les bienvenus !

TAXREF n'est pas un espace de publication au sens des codes de nomenclature. Il ne propose pas de combinaisons inédites tant que celles-ci ne sont pas publiées en accord avec les codes.

Qu'est-ce-que TAXREF-Web ?

La plateforme TAXREF-Web est une infrastructure conçue pour capturer des données et des informations taxonomiques et connexes, et comprend un environnement d'édition en ligne. C'est la plateforme principale qui sous-tend TAXREF et la Base de connaissances (BDC) qui y est adossée.

La plateforme repose sur une base de données Oracle, contenant plus de 400 champs répartis sur plus de 80 tables associées. Du point de vue du contenu, la structure globale peut être divisée en quelques 10 modules : taxonomie, noms vernaculaires, sources, notes, correspondances, distribution, traits, statuts, interactions et habitats. Les images sont gérées via une autre application web dans le cadre de l'INPN.

Presque toutes les informations disponibles dans TAXREF sont consolidées avec une source. Cela sert un double objectif : il permet un contrôle de qualité facile des informations ajoutées et il guide les utilisateurs vers potentiellement plus d'informations que ce qui a été documenté dans TAXREF.

TAXREF utilise des identifiants uniques et stables pour chaque nom disponible dans la base de données. Le système permet non seulement le stockage des noms acceptés et leurs synonymes, mais il documente également la relation entre les noms ; en particulier, la relation au nom original (protonyme ou basionyme) permet de distinguer les synonymies subjective (hétérotypique) et objective (homotypique). Cela en fait un outil très puissant pour le contrôle de la qualité taxonomique, et permet également de relier différentes informations via des noms scientifiques, à la fois au sein de la plateforme mais aussi en relation avec les bases de données externes.

Gouvernance

Initié en 2003 au sein du Service du Patrimoine naturel du Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), TAXREF est élaboré et diffusé par PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) dans le cadre de la mise en oeuvre du Système d'Information de l'iNventaire du Patrimoine naturel (SINP).

TAXREF est géré à trois niveaux différents, chacun ayant ses propres tâches et responsabilités :

1. le Comité des utilisateurs
   
2. le Comité de rédaction
3. l'équipe de gestion ("équipe TAXREF")

Comité des utilisateurs

Dans le cadre du SINP, le programme s'appuie sur un vaste réseau de collaborateurs / utilisateurs. Il s'agit des plateformes régionales du SINP, d'associations et des sociétés savantes, des services déconcentrés de l'Etat, des gestionnaires d'espaces protégés ou d'utilisateurs privés. Ces collaborateurs remonte des besoins en matière de gestion de noms d'espèces, notamment dans le cadre de la diffusion de données d'occurrence.

En outre, deux séminaires ont été organisés afin d'échanger sur la méthodologie et le contenu et de dégager des axes de priorité, l'un en janvier 2016 le second en octobre 2021 (précédé d'une enquête de satisfaction). L'ouverture du présent site à une audience publique découle notamment d'une demande de ces séminaires.

Comité de rédaction

Le comité de rédaction comprend tous les éditeurs et fournisseurs de données actifs. Leur tâche principale est d'assumer la responsabilité d'un ou plusieurs taxons, thèmes ou régions relevant de leur expertise, en ajoutant des taxons nouvellement publiés à TAXREF, en corrigeant les erreurs et en étant constamment à la recherche d'informations d'intérêt pour TAXREF. Le comité de rédaction est le pivot de TAXREF : il consacre son temps à rendre TAXREF plus complet et à aider l'équipe TAXREF à répondre aux questions des utilisateurs et à résoudre les problèmes liés aux contrôles qualité.

Le comité de rédaction est un organe très dynamique. Une liste complète de tous les experts taxonomiques peut être trouvée sur la page des éditeurs.

Envoyez-nous un email si vous avez des questions ou souhaitez contribuer à cette initiative.

Equipe de gestion

L'équipe de gestion des données ("équipe TAXREF") est basée au Muséum national d'Histoire naturelle (Paris) et fait partie de PatriNat (OFB - CNRS - MNHN) au sein de l'Equipe "Connaissance Espèces". L'équipe TAXREF se compose de personnel technique et/ou scientifique. L'équipe est chargée de maintenir la base de données en ligne, de protéger son intégrité et la persistance des identifiants uniques (CD_NOM).

L'équipe TAXREF fournit une assistance à différents niveaux :

Support aux éditeurs

L'équipe TAXREF supervise toutes les activités d'édition en cours et soutient les éditeurs dans leur travail si nécessaire. Le soutien concerne aussi bien le côté technique que le contenu de la base de données. L'équipe TAXREF peut charger des informations en masse dans la base de données et exécuter des requêtes spécifiques pour aider à identifier les lacunes ou les problèmes que les éditeurs doivent résoudre. En outre, l'équipe TAXREF effectue également des modifications en ligne à la demande des éditeurs (changement de classification supérieure par exemple). Elle assure le développement de nouveaux outils et fonctionnalités qui améliorent la saisie des données.

Diffusion et assistance aux utilisateurs

L'équipe TAXREF est chargée de tout ce qui concerne la diffusion du référentiel et de sa base de connaissance. C'est elle qui assure notamment la mise en ligne des différentes versions ainsi que le développement de l'API. L'équipe TAXREF gère l'assistance aux utilisateurs, tant pour les aspects technologiques que sur les retours concernant la nomenclature ou la taxonomie.

Développements informatiques

Tous les développements techniques au niveau du site web, de TAXREF-match et de l'API sont réalisés par l'équipe TAXREF, de la constitution et l'organisation de la base de données aux outils d'interface. Pour le web sémantique, l'équipe collabore avec le laboratoire I3S (Université Côte d'Azur/CNRS/Inria).

Traitement des groupes orphelins

De nombreux groupes ne possèdent pas de spécialistes au niveau national ou au niveau des territoires ultramarins. Dans ce cas, l'équipe TAXREF se charge de l'inventaire et de la constitution du référentiel pour ces taxons, principalement sur la base de données bibliographiques référencées dans le système d'information (application DOCS-web). En fonction du temps disponible, la priorité se fait sur les noms de référence à partir de listes publiées, mais les synonymes peuvent également être inclus. Il peut également s'agir de faire le lien entre des référentiels mondiaux (Index Fungorum par exemple) et TAXREF, pour l'inclusion de noms originaux par exemple.

Partenaires

TAXREF et son réseau d'éditeurs ne peuvent pas couvrir l'ensemble de la diversité géographique des territoires concernés et de la richesse biologique élevée qui les occupe. TAXREF s'appuie nécessairement sur une expertise variée et sur des partenariats à différents niveaux avec des Référentiels externes. La raison de ces collaborations est simple : si un référentiel rigoureux et faisant autorité existe déjà, l'effort ne doit pas être dupliqué.

Ces collaborations s'intègrent les unes aux autres en fonction de la portée géographique des référentiels externes (figure ci-dessous) :

• Les référentiels locaux (métropole et territoires d'outre-mer),
• Les référentiels régionaux (Regional Species Database, RSD) (Europe, Océan Indien...),
• Les référentiels mondiaux (Global Species Database, GSD).
  

Les référentiels locaux sont garants de l'expertise la plus pointue sur un territoire donné. Ces compétences sont particulièrement valorisées pour la flore terrestre.

Les GSD, en ce qu'elles représentent une autorité mondiale reconnue, sont préférentiellement suivies. Ils s'agit par exemple de WoRMS (pour ses "subregisters" globaux comme MolluscaBase notamment, mais pas pour les oiseaux par exemple), de FishBase, d'Index Fungorum, etc.

TAXREF s'efforce de coller au plus près de ces référentiels. En cas de désaccord, un échange avec les éditeurs des bases s'engage afin de résoudre le conflit sur la base de publications scientifiques. En complément des publications, des notes nomenclaturales et/ou taxonomiques peuvent être ajoutées dans le référentiel pour garder trace du problème et de sa résolution.

TAXREF est ou fait partie de l'épine dorsale taxonomique de plusieurs projets et initiatives, tels que le SANDRE ou GeoNature au niveau national ou le GBIF au niveau mondial. Dans le cadre de ces initiatives, TAXREF est utilisé pour vérifier les noms taxonomiques disponibles dans les jeux de données. Il permet également d'accéder aux données de la Base de Connaissances associée et aux données du SINP.