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Les cryptophytes se trouvent dans toutes les mers, les eaux douces et les eaux interstitielles des milieux terrestres humides. Elles forment une partie significative du nanoplancton. On en trouve dans les eaux douces antarctiques. Certaines espèces sont des parasites intestinaux d'animaux domestiques. D'autres sont devenues des endosymbiontes de dinophytes.
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