Guide d'utilisation de TaxRef-Match

Avant-propos

a). Nous vous recommandons l'utilisation de Mozilla Firefox (télécharger).

b). Vous pouvez télécharger ici un fichier d'exemple.

c). Veuillez vous reporter au paragraphe 6) pour plus de détails sur les différents types de réconciliation.

1). Importer le fichier de données

Veuillez choisir un fichier à traiter (.csv ou .txt). Reportez-vous au paragraphe 5) pour plus de détails sur les fichiers .csv.

Ce fichier doit respecter les conditions suivantes :

Exemple :

nom_complet;classification;fk
helix lapicidus linné 1758);mollusca,gastropoda,helicidae;12
Cyclops minutus O.F. Müller, 1776;;30
Canis lupus altaicus (Noack, 1911);;1

2). Si votre fichier comporte plus de 10 lignes de données

Le traitement peut être long. Les résultats vous seront envoyés par e-mail. Il contiendra un lien qui vous permettra de télécharger un fichier contenant les résultats.

Vous êtes alors invités à préciser les options suivantes :

3). Si votre fichier comporte moins de 10 lignes de données

Vous serez redirigés vers une page proposant un tableau avec les résultats. Voici le contenu de ce tableau :

Choisissez le format de fichier et le format d'encodage des caractères (cf. paragraphe précédent), puis cliquez sur Enregistrer pour exporter le résultat dans un fichier.

4). Ouvrir un fichier CSV au format UTF-8 avec Microsoft Excel, LibreOffice, OpenOffice

Pour ouvrir un fichier CSV avec Microsoft Excel au format UTF-8, vous devez suivre les étapes suivantes :

Les suites LibreOffice et Apache OpenOffice proposent de choisir le format d'encodage des caractères à l'ouverture du fichier.

5). Créer un fichier .csv

Qu’est-ce qu’un fichier .csv ?

Lorsque vous travaillez sur votre logiciel de tableur (Microsoft Excel, LibreOffice Calc, OpenOffice Calc, …) chaque colonne est séparée par des traits verticaux comme sur un tableau classique. TaxRef-Match ne lisant pas les fichiers de ces tableurs, il va être nécessaire de passer par un autre type de fichier : le .csv.

Un fichier .csv est un fichier texte où chacune de vos colonnes de votre tableau ne sera plus séparée par des traits verticaux mais par des points-virgules.

Figure 1
Figure 1 : tableau sur Microsoft Excel

Le tableau sous Excel de la figure 1 devient le fichier présenté dans la figure 2. Chaque ligne correspond à une ligne de votre tableur et chaque colonne est séparée par un point-virgule. Vous noterez qu’il n’y a plus aucune mise en forme (texte en gras et lignes du tableau dessinées).

Figure 2
Figure 2 : fichier donnees.csv ouvert avec le Bloc-notes sous Windows

Créer un fichier .csv

Un fichier .csv peut se créer directement depuis votre logiciel de tableur. Allez dans « Enregistrez-sous », saisissez le nom de votre choix (ne mettez pas d’accents ou de caractères spéciaux) puis sélectionnez CSV (séparateur point-virgule) dans la liste des choix de type de fichier (figure 3). Cliquez sur Enregistrer puis conserver le format du fichier. Votre fichier est maintenant créé.

Remarque : si vous avez plusieurs feuilles dans votre logiciel de tableur, le fichier CSV ne contiendra que la feuille qui était affichée à l’écran au moment où vous avez fait « Enregistrer ».
Figure 3
Figure 3 : Choix de fichier CSV (séparateur point-virgule) dans la liste des types de fichier

6). Les différents types de réconciliation


Type de réconciliationSignificationExemples
1 - Nom complet normaliséNom scientifique complet avec autorité et dateParacentrotus lividus (de Lamarck, 1816)
2 - Nom complet normalisé sans dateNom scientifique complet avec autoritéParacentrotus lividus (de Lamarck)
3 - Nom scientifique normaliséNom scientifique completParacentrotus lividus
4 - Phonétique Nom completErreur d'écriture du nom ou de l'autoritéEntelerus aequorus (Linnaeus, 1758) (Nom contenu dans le fichier initial) a été relié à :
Entelurus aequoreus (Linnaeus, 1758) (Nom de référence)
5 - Phonétique Nom complet sans dateErreur d'écriture du nom ou de l'autoritéFestuca giganthea (L.) Vill. (Nom contenu dans le fichier initial) a été relié à
Festuca gigantea (L.) Vill., 1787 (Nom de référence)
6 - Phonétique Nom scientifiqueErreur d'écriture du nomGammagobius steinitzi (Nom contenu dans le fichier initial) a été relié à
Gammogobius steinitzi Bath, 1971 (Nom de référence)
7 - Phonétique Genre / taxon terminalSi le taxon est indiqué comme sous espèce dans le fichier en entrée alors qu'il est au rang d'espèce dans TAXREF, alors le lien est fait.Nigella arvensis L. subsp. Arvensis (Nom contenu dans le fichier initial) a été relié à
Nigella arvensis L., 1753 (Nom de référence)
8 - Phonétique taxon terminal / auteurPermet de trouver les taxons qui ne sont pas regroupés dans le même genre entre le fichier en entrée et TAXREF.Mystacides nigra (Linné, 1758) (Nom contenu dans le fichier initial) a été relié à
Nigrotipula nigra nigra (Linnaeus, 1758) (Nom de référence)
9 - Phonétique par complétionUtilise le début de la chaine de caractères pour retrouver des taxonsSecurigera varia (fourni par Robert) (Nom contenu dans le fichier initial) a été relié à
Securigera varia (L.) Lassen, 1989 (Nom de référence)

Définition des termes :

Normalisation : l’algorithme remplace les majuscules en minuscules, remplace les caractères accentués par des caractères non accentués pour les noms et les noms d’auteur. Pour les noms d’espèces le sous genre est supprimé. Pour les auteurs, les abbréviations sont identifiées et remplacées par le nom complet : par exemple L. pour Linnaeus.

Exemple : PARAcentroTus (sous-genre) Lividus LAMARCK 1816 sera normalisé en paracentrotus lividus lamarck 1816.

Phonétisation : il s’agit d’une normalisation améliorée où des lettres sont remplacées par d’autres. Cela permet d’identifier les erreurs d’écriture.